Wybuch II Wojny Światowej zastał naszą Marynarkę Wojennej w fazie rozbudowy. Wobec przeważających sił niemieckich nasze okręty mogły wyłącznie wykonywać zadania defensywne. Przygniatająca przewaga sił przeciwnika, całkowite panowanie w powietrzu spowodowały, że nasza flota nie mogła długo się utrzymać. Nasze dwa największe okręty wojenne: stawiacz min ORP „Gryf” oraz kontrtorpedowiec „Wicher” zdążyły stoczyć pierwszą w historii bitwę powietrzno-morską oraz pojedynek artyleryjski z dwoma kontrtorpedowcami niemieckimi. Jednakże już w trzecim dniu wojny, w wyniku ataków lotniczych, zostały one zatopione. Nasze trałowce, słynne „ptaszki”, wspierały ogniem swoich dział pododdziały walczące na lądzie. Lądowa Obrona Wybrzeża broniła Kępy Oksywskiej aż do 19 września, a Rejon Umocniony Hel poddał się dopiero 2 października. Kontradmirał Józef Unrug był przekonany, że półwysep helski jest ostatnim wolnym skrawkiem Polski. Wówczas nie wiedział o tym, że w głębi kraju Samodzielna Grupa Operacyjna „Polesie” generała Franciszka Kleeberga rozpoczęła właśnie bój pod Kockiem. W jej składzie nie zabrakło marynarzy, którzy wywodzili się głównie z Flotylli Pińskiej. Okręty tej jednostki zostały samozatopione w wyniku niemożliwości wycofania się przed nadciągającymi wojskami sowieckimi. Marynarze walczyli także o utrzymanie przepraw i mostów na Wiśle oraz brali udział w największej bitwie polskiego września – nad Bzurą.
Kiedy działania na lądzie jeszcze trwały okręt podwodny ORP „Wilk” wydostał się z Bałtyku i bezpiecznie dotarł do Wielkiej Brytanii. W jego ślady w niedługim czasie poszedł ORP „Orzeł” – uciekinier z Tallinna. Niestety pozostałe okręty podwodne zostały internowane w Szwecji. W działaniach wojennych na wybrzeżu nie wzięły udziału nasze główne siły morskie – trzy kontrtorpedowce: ORP „Błyskawica", ORP „Burza" i ORP „Grom”. Kierownictwo MW zdawało sobie sprawę, że pozostawienie tych okrętów na wybrzeżu jest równoznaczne ze skazaniem ich na zagładę. Dlatego też okręty te zostały odesłane do Wielkiej Brytanii jeszcze przed wojną. Miały tam realizować zadania konwojowania statków z zaopatrzeniem wojennym idących do Polski poprzez Morze Czarne. Okręty te stały się zaczątkiem tworzącej się Polskiej Marynarki Wojennej na zachodzie. Chociaż cały kraj został zajęty przez wojska niemieckie i sowieckie, to pokłady naszych okrętów stanowiły cały czas integralną część naszego terytorium – wolnej Polski.